Microbiote et antibiotiques : une association délicate

La prise d’un traitement antibiotique peut s'accompagner d'inconforts intestinaux… Ceci est dû à un microbiote intestinal déséquilibré par la substance prescrite. Comment rétablir l'équilibre ? ⁽¹⁾

L'impact des antibiotiques sur le microbiote

Les antibiotiques couramment prescrits dans le traitement d’affections bénignes ont pour objectif d’éliminer des bactéries nuisibles. La prescription essaie autant que possible de cibler le germe responsable de la maladie. Ainsi, il existe des antibiotiques au mécanisme d’action plus ou moins large dits à large spectre, et ciblant donc aussi bien les mauvaises bactéries que certaines des bactéries protectrices. Aucun d'entre eux n'épargne les flores commensales qui voient la diversité et le nombre des bactéries qui les composent diminuer. Or, les effets de ce déséquilibre peuvent perdurer plusieurs mois bien que les conséquences de ces changements ne soient pas encore établies¹.

Antibiotiques : ils sont précieux, utilisons-les mieux

N’en réclamez pas à votre médecin au moindre petit rhume, d’autant qu’ils ne sont efficaces que sur les infections bactériennes et non virales. De plus, l'administration d’antibiotiques peut déboucher sur la sélection de bactéries résistantes qui ne faciliteront pas la tâche du système immunitaire.

Comment préserver la flore intestinale après des antibiotiques ?

Plusieurs stratégies peuvent être mises en place : le respect strict de la prescription et de la durée d'administration, l'horaire de la prise des antibiotiques en fonction des repas, l'adaptation de l'alimentation avec l'introduction d'aliments riches en micro-organismes, l'apport de pré et probiotiques.

Que manger quand on prend des antibiotiques ?

Pour limiter les désagréments pendant et après une prise d’antibiotiques, soignez votre alimentation: 

• Favorisez les légumes et fruits cuits, riches en fibres douces prébiotiques. Elles aident au maintien d’un microbiote diversifié et de qualité. Parmi les végétaux à privilégier :  artichaut, asperge, banane, oignon, figue, topinambour, blanc de poireau, oignon, ail, céréales complètes...
• Optez pour les aliments riches en ferments lactiques naturellement présents dans la choucroute crue, les yaourts non pasteurisés, produits laitiers fermentés (lait ribot, kéfir), les fromages fermentés, levure de bière...
• Prenez le temps de bien mastiquer pour activer les enzymes digestives, synonymes d'une bonne digestion.
• Un apport de compléments alimentaires probiotiques peut accompagner la prise d'antibiotiques.

Probiotiques et antibiotiques en même temps ou après ?

Il est préférable de consommer les compléments alimentaires probiotiques dès le début de l'antibiothérapie et plusieurs jours après l'arrêt.
En revanche, il est préférable de ne pas les ingérer en même temps. L'effet bactéricide de l'antibiotique risque fort en effet de détruire les bactéries probiotiques. Le probiotique sera donc pris idéalement à distance de l'absorption de l'antibiotique (2h au minimum), indifféremment en dehors ou au cours du repas.

Quels probiotiques en accompagnement d’une prise d’antibiotiques ?

Les probiotiques sont des “micro-organismes vivants qui, lorsqu’ils sont administrés en quantités adéquates, confèrent un bénéfice pour la santé de l’hôte”⁽²⁾. Ils sont aujourd'hui plus souvent associés à la prescription d'antibiotiques. Les souches probiotiques les plus pertinentes sont les souches Lactobacillus rhamnosus GG, Lactobacillus acidophilus, Lactobacillus plantarum. Elles ont pour fonction, si elles sont présentes en quantité suffisante, de participer à une diversité au microbiote intestinal.
Les probiotiques en compléments alimentaires doivent répondre à certains critères dont la tolérance à l’acidité gastrique et aux sels biliaires, pour une survie des bactéries jusqu’à l’intestin. Rendues à destination, certaines bactéries sont dites revivifiables c'est-à-dire qu'elles reprennent vie au contact du milieu intestinal. Les probiotiques peuvent être enrichis de micronutriments tels que la vitamine B3 pour le maintien d'une muqueuse saine par exemple. Il est conseillé de choisir un produit contenant au minimum 7 milliards de bactéries par gélule.

Références bibliographiques
1.    Van Zyl, K. N., Matukane, S. R., Hamman, B. L., Whitelaw, A. C., & Newton-Foot, M. (2021). The effect of antibiotics on the human microbiome: a systematic review. International journal of antimicrobial agents, 106502.
2.    Hill, C., Guarner, F., Reid, G. et al. The International Scientific Association for Probiotics and Prebiotics consensus statement on the scope and appropriate use of the term probiotic. Nat Rev Gastroenterol Hepatol 11, 506–514 (2014)